自103年1月1日起，納稅義務人及其配偶如符合下列情形之一，得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額： 1.納稅義務人與配偶符合民法第1010條第2項難於維持共同生活，不同居已達6個月以上之規定，向法院聲請宣告改用分別財產制者，於辦理法院宣告改用分別財產制之日所屬年度及以後年度之綜合所得稅結算申報時，可檢附法院裁定書影本各自辦理結算申報及計算稅額。
2.納稅義務人與配偶符合民法第1089條之1不繼續共同生活達6個月以上之規定，經法院裁定未成年子女權利義務之行使或負擔，於辦理法院裁定之日所屬年度及以後年度之綜合所得稅結算申報時，可檢附法院裁定書影本各自辦理結算申報及計算稅額。
3.納稅義務人或配偶因受家庭暴力，依據家庭暴力防治法規定取得通常保護令者，於辦理通常保護令有效期間所屬年度之綜合所得稅結算申報時，可檢附通常保護令影本各自辦理結算申報及計算稅額。
4.納稅義務人或配偶取得前款通常保護令前，已取得暫時或緊急保護令者，於辦理暫時或緊急保護令有效期間所屬年度之綜合所得稅結算申報時，可檢附暫時或緊急保護令影本各自辦理結算申報及計算稅額，惟仍應於取得。（財政部 104年3月19日台財稅字第 10404534420 號）
若不符合前開規定，而無法合併申報者(不包含因工作因素分隔兩地或戶籍地不同等情形)，可以分別填報申報書，但仍應於申報書上填寫配偶的姓名、國民身分證統一編號及出生年次等資料，並在申報書上「□不符合上開規定，而無法合併申報之分居者(不包含因工作因素分隔兩地或戶籍地不同等情形)」欄位打V，並於申報書上填寫配偶姓名及身分證統一編號，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報。如須分別開單計稅者，請於申報書「如須分別開單計稅者，請於此【 】打V。」欄位處勾選。由國稅局合併計算稅額。
如經申請分別開單者，其歸戶合併後全部應納稅額（T），准依下列方式計算夫妻各自應分攤之應納稅額（T1、T2），減除其已扣繳稅款、可扣抵稅額（編者註：現為可抵減稅額）及自繳稅款後，分別發單補徵：
（一）夫妻分別申報之扶養親屬無重複者，依夫妻各按單身身分分別申報之綜合所得總額（Y1、Y2），依法減除列報之扶養親屬免稅額及扣除額後，分別核算夫之應納稅額（t1）及妻之應納稅額（t2）；夫妻分別申報之扶養親屬有重複者，應先分別剔除重複申報之免稅額及扣除額後，再依前述規定分別核算夫之應納稅額（t1）及妻之應納稅額（t2）。
（二）以歸戶合併後全部應納稅額（T），按夫之應納稅額（t1）占夫及妻應納稅額合計數（t1＋t2）比例計算夫應分攤之應納稅額【T1＝T×t1÷（t1＋t2）】，並按妻之應納稅額（t2）占夫及妻應納稅額合計數（t1＋t2）比例計算妻應分攤之應納稅額【T2＝T×t2÷（t1＋t2）】。
（財政部98/09/14台財稅字第09804558680號令、財政部104/12/04台財稅字第10404647251號令）